Le 07/12/2023, la Chef d’Escadron Gouello soutenait sa thèse à l’Université de Montpellier :
L’objectif de cette thèse était de réaliser une étude pilote visant à appliquer l’analyse des communautés bactériennes à la détermination de la nature des fluides biologiques, tout en répondant à différentes problématiques : Quel type de trace peut-on prélever ? Quand faut-il prélever ? Comment effectuer l’analyse ? Les techniques actuelles de détermination de la nature de la trace sont basées sur des tests immunologiques ou physico-chimiques qui présentent parfois des limites en termes de spécificité et de sensibilité. A travers l’étude du microbiome, il est possible de déterminer la nature des fluides biologiques par l’identification des espèces bactériennes présentes dans ces fluides.
Cette étude était basée sur le séquençage de l’ARN ribosomal 16S, gène universellement détecté dans tous les génomes bactériens et présentant des régions hypervariables permettant de discriminer une espèce bactérienne. Plusieurs fluides biologiques, communément rencontrés en criminalistique, ont été analysés de manière isolée afin de déterminer une signature bactérienne par type de fluide puis en mélange afin d’évaluer si ces signatures microbiennes étaient toujours identifiables. L’analyse des fluides seuls a permis l’identification formelle des fluides d’intérêt malgré l’observation de variations inter-individuelles. Certains mélanges de fluide ont permis la détection des deux fluides présents, toutefois, pour d’autres mélanges, il était parfois complexe de déterminer la présence d’un fluide du fait de la prépondérance de communautés bactériennes de l’autre fluide analysé ou de la proximité des profils bactériens entre les échantillons. L’expérimentation sur la persistance des communautés bactériennes sur ces fluides a mis en évidence que ces dernières étaient stables jusqu’à au moins 4 jours quelle que soit la condition environnementale testée. Ensuite, le deuxième objectif de cette étude était de mettre en évidence le kit d’extraction d’acides nucléiques (ADN et ARN) le plus approprié en comparant un kit d’extraction médical ainsi qu’un kit d’extraction forensique utilisé dans notre laboratoire. Cette étude a permis de révéler que l’analyse des communautés bactériennes était compatible avec le protocole du laboratoire en travaillant directement à partir de l’extrait d’acides nucléiques total servant à l’établissement des profils génétiques. Enfin, une étude comparative entre deux technologies de séquençage a permis de montrer que des profils bactériens similaires étaient obtenus.
Cette nouvelle méthode d’identification des fluides s’est donc révélée prometteuse bien que des analyses supplémentaires restent nécessaires. En effet, il reste de nombreux défis à relever, notamment l’établissement de protocoles sensibles, spécifiques et robustes pour les fluides testés. Il convient également de prendre en compte les aspects juridiques et éthiques de l’analyse de la communauté bactérienne. Il est nécessaire de contrôler la nature des données analysées, ainsi que les mesures de protection, de collecte, de stockage et de diffusion de ces données, notamment dans les rapports d’experts.
